La historia de Cleopatra está teñida de tragedia. Siendo de pequeña una niña brillante y dotada de una increíble belleza, tuvo que huir de Egipto pues su hermano Ptolomeo se apoderó del trono ignorándola. Más tarde sería famosa por sus amores con el César y con Marco Antonio, junto con quien yacen sus restos.
A los 14 años fue presentada al público por su padre el faraón. Deslumbrante por su belleza de rasgos griegos y por su inteligencia y aptitudes para el gobierno, Cleopatra era la joya de la familia real. A la muerte de su padre, su hermano Ptolomeo se apoderó del trono y se negó a compartir el poder con Cleopatra.
Ella entonces se refugió en Siria desde donde planea ocupar Egipto por las armas y destronar a su hermano. Al mismo tiempo Cleopatra escucha del poder y las conquistas de Julio Cesar y decide presentarse ante él. Como no podía hacerlo de un modo oficial, se escondió en una alfombra e ingresó así al palacio del Cesar.
La historia entre Julio Cesar y Cleopatra es pasional. Una de esas historias de amor que sobreviven al tiempo. Quizás hubiera sido aún más trascendente si Cesar no hubiera sido asesinado en Roma.
Pero antes del trágico final Cesar impone a Cleopatra como reina de todo Egipto, declarando la guerra al faraón. Ptolomeo muere durante la batalla.
Sola y libre, Cleopatra se dirige a Alejandría, donde había sido educada. Allí se contactará con Marco Antonio, para entonces emperador romano. Ella lo invita a su palacio y terminan ambos locamente enamorados. Pero durante el tiempo que Marco Antonio pasa en Egipto, unos 3 años, Octavio se hace del poder en Roma. Con él Cleopatra intenta firmar un tratado de paz, pero había una condición: Marco Antonio debía morir.
Atrapada y atemorizada, Cleopatra hace esparcir el rumor de su muerte y se esconde, con dos doncellas, en su propia tumba. Marco Antonio, completamente abrumado por la pérdida, se suicida lanzándose contra su propia espada. Pero mientras agonizaba, un enviado de Cleopatra llega y él le pide que lo lleven con ella.
Más adelante el cuerpo de Cleopatra y sus doncellas es encontrado. La muerte parece haberse debido a una mordida de una serpiente o un alacrán. Octavio manda enterrar a Cleopatra junto con Marco Antonio.
Los restos del Palacio de Cleopatra podrán verse cuando el museo submarino esté terminado.