Area 51 se ubica en el desierto de Nevada, en las instalaciones de máxima seguridad y de alto secreto del Gobierno de los Estados Unidos. El jugador será Lt. Nick Cross, un biólogo especializado, enviado para descubrir los sucesos. Durante su investigación se tropieza con una criatura alienígena y es infectado con un gen biológico mutado que con el tiempo, le transformará en algo no muy humano. Para salvar la Tierra y a sí mismo, Lt. Cross debe luchar para resolver el enigma de Área 51