Zubiri describe así la contraposición entre episteme y ciencia:

“En su punto de partida hay, pues, una radical diferencia de intención entre la episteme y la ciencia. Para aquélla, el movimiento es un modo de ser. Para ésta el movimiento es la sucesión de estados distintos”.

Este examen por separado y en paralelo, de la episteme y la ciencia moderna, es la gran aportación de Zubiri. Empieza el análisis por el “punto de partida”. Visto desde la idea fuente -el hecho de los cambios en el universo-, en concreto, el hecho del movimiento:

“(…) resulta claro que la mecánica considera en el movimiento local el -paso- de unos lugares a otros. Es el transcurso de estos diversos estados, el curso del movimiento, lo que constituye el punto de partida de la ciencia. Cuando un griego se enfrenta con el movimiento, incluso con el movimiento local, su mente va disparada hacia algo distinto. Lo que le interesa en el movimiento es el móvil que está él. No se pregunta por el despliegue del movimiento, sino por el estado del móvil (…) El movimiento no se obtiene por un despliegue de estados, sino al revés: por una especie de repliegue sobre el mismo móvil descubrimos en él algo que lo hace inestable. La episteme no busca el -transcurso- del movimiento, sino el -ens mobile- (…) la condición de la cosa mudable, su interna inestabilidad”.

Las diferencias de episteme y ciencia, que afectan incluso a lo estructural, arrojan luz sobre los aspectos filosóficos de la cuestión:

“En la episteme se ve al -ens mobile- perforado, en cierto modo, por la oquedad del no-ser. En la ciencia se elude temáticamente toda alusión al no-ser (…) Gracias a esto ha podido haber una mecánica. Pero es forzoso reconocer que la estructura de la episteme, en este caso, nada tiene que ver con la estructura de la ciencia”.
En el análisis de eso que llamamos las fuerzas de la naturaleza, en paralelo, pueden apreciarse los aspectos “dispares” de las dos “rutas” mentales: episteme y ciencia moderna:

“La fuerza, en efecto, es para la ciencia algo que se manifiesta precisamente en la intensidad de las mutaciones que introduce en el curso de los fenómenos (…) En cambio, un griego ve en una fuerza, ante todo, la alusión, en cierto modo, al ser fuerte. So sustantiva las fuerzas de la Naturaleza…”

¿Qué es lo que brota inmediatamente de esta primera consideración? Eso que los griegos llamaron la “physis”, la Naturaleza. A través de la cosa que se muestra inestable, transparece esa fuerza que se va a conceptualizar como causa. La estructura de la causalidad va a ser la razón, el por qué unas cosas aparecen de un modo determinado y no de otro, o mejor, de este modo unas, y de este otro modo distinto, otras.

La fuerza para un griego, la “dynamis” lleva en sí algo tan real que va constituir eso que llamaron “causa-aitia”. En cambio, la ciencia ve a la Naturaleza en sus manifestaciones sucesivas. Las precisas relaciones de uniformidad en el aparecer de esta manera, en el aquí y en el ahora estrictamente determinados, constituirán el objeto del saber de ciencia. Su expresión universal será la ley:

“La uniformidad en las actuaciones de la naturaleza, y en su formulación precisa, es la finalidad que la ciencia persigue, esto es, la lex, la ley”.

De ahí que la idea de causa tenga distinto tratamiento en la episteme y en la ciencia moderna:

“Para la ciencia pues, la Naturaleza es un sistema de -leyes-. Para la episteme, una fundamentación -causal- de cosas. Una vez más la ciencia va al transcurso legal de los fenómenos; la episteme, a la índole causal de las cosas”.

En el análisis directo de lo que sea un saber en la dirección que responde al “por qué” de las cosas y su ligazón a la “necesidad”, también aparece nítidamente la disparidad de enfoque:

“Desde el momento en que se sabe el porqué, se conoce -eo ipso- la inexorable necesidad que penetra en la realidad (…) La necesidad tiene, efectivamente, en la ciencia un sentido sumamente preciso (…) Saber -cómo-, es esencialmente saber qué cosas deben acontecer para que acontezcan otras. El -porqué- de la ciencia es siempre un -cómo- que recae sobre un -quién- (…) Pero, en cambio, para la episteme, el problema del -porqué- es esencialmente el problema de averiguar -qué- hay en la causa, que cause determinado efecto (…) En realidad, tras el porqué, la ciencia busca el -cómo-, la episteme el -qué-”.

En definitiva, la ciencia es un saber de fenómenos, entendiendo por tal la precisa determinación del dónde, cuándo y cómo se presentan los tales fenómenos. La episteme en cambio, incidirá sobre las cosas mismas intentando descubrir qué hay en ellas que hace que se manifiesten de esa forma determinada y no de otra.

“Las cosas -jamás- se descubren sino en un -universo-, y su inclusión en él, es lo que modela el sentido que tiene la -realidad- de aquellas en cada caso. En cada una de estas dimensiones del problema -cosas, universo, realidad- veremos cómo se contrapone la idea básica de la episteme griega a la de la ciencia moderna”.